Programa Institucional de la Secretaría de Administración (Se fusiona con la Secretaría de Hacienda y de la Función Pública)
Programa Institucional de la Secretaría de Planeación y Desarrollo Sustentable (Se fusiona con la Secretaría de Finanzas hoy Hacienda)
Programa Institucional de la Secretaría de Hacienda (Antes Secretaría de Finanzas)
Programa Institucional de la Secretaría de la Función Pública (Antes Contraloría General del Estado)
Programa Institucional de la Secretaría del Campo
Programa Institucional de la Secretaría de Pesca y Acuacultura
Programa Institucional del Instituto de Historia Natural y Ecología
Programa Institucional del Instituto para el Fomento de la Agricultura Tropical
Programa Institucional de la Comisión para el Desarrollo y Fomento del Café de Chiapas
Programas Institucionales del Instituto de Energías Alternativas, Renovables y Biocombustibles del Estado de Chiapas (Antes Comisión de Bioenergéticos del Estado de Chiapas)
Programa Institucional de la Comisión Forestal Sustentable del Estado de Chiapas
Programa Institucional de la Secretaría Economía (Antes de Secretaría de Fomento Económico)
Programa Institucional de la Secretaría Infraestructura (Antes Secretaría de Obras Públicas)
Programa Institucional del Instituto Marca Chiapas (Antes Instituto de las Artesanías)
Programa Institucional del Instituto de la Vivienda (Se fusiona con la Secretaría de Medio Ambiente y Vivienda)
Programa Institucional del Consejo de Ciencia y Tecnología del Estado de Chiapas
Programa Institucional del Instituto de la Infraestructura Física Educativa del Estado de Chiapas (Antes Comité de Construcción de Escuelas
Programa Institucional del Instituto Estatal del Agua (Antes Comisión Estatal de Agua y Saneamiento)
Programa Institucional de la Comisión de Caminos (Se fusiona con la Secretaría de Infraestructura)
Programa Institucional de la Secretaría de Educación
Programa Institucional de la Secretaría de Pueblos Indios
Programa Institucional de la Secretaría General de Gobierno (Antes Secretaría de Gobierno)
Programa Institucional de la Secretaría de Desarrollo Social
Programa Institucional de la Secretaría de Seguridad y Protección Ciudadana
Programa Institucional de la Secretaría de Transportes (Antes Secretaría de Comunicaciones y Transportes)
Programa Institucional de la Secretaría de Turismo y Relaciones Internacionales (Antes Secretaría de Turismo)
Programa Institucional de la Secretaría de Salud
Programa Institucional del Sistema para el Desarrollo Integral de la Familia del Estado de Chiapas
Programa Institucional del Sistema Chiapaneco de Radio y Televisión
Programa Institucional del Instituto Estatal de las Mujeres
Programa Institucional del Instituto de Mejoramiento Integral de Poblados (Se fusiona con la Secretaría de Infraestructura)
Programa Institucional del Instituto de Profesionalización del Servidor Público
Programa Institucional Instituto Chiapas Solidario
Programa Institucional del Instituto de Capacitación y Vinculación Tecnológica del Estado de Chiapas
Programa Institucional del Instituto de Educación Para Adultos
Programa Institucional del Instituto Estatal de Evaluación e Innovación Educativa
Programa Institucional del Instituto de Medicina Preventiva
Programa Institucional Instituto de Seguridad Social de los Trabajadores del Estado de Chiapas
Programa Institucional del Instituto Estatal de la Juventud
Programa Institucional del Instituto del Deporte
Programa Institucional de Banchiapas
Programa Institucional de Chiapas Solidario por la Alfabetización
Programa Institucional del Consejo Estatal para las Culturas y las Artes de Chiapas
Programa Institucional del Consejo Estatal de Población (Se fusiona al Instituto de Población y Ciudades Rurales)
Programa Institucional del Consejo Estatal de Seguridad Pública
Programa Institucional de la Consejería Jurídica y de Asistencia Legal (Antes Consejería Jurídica)
Programa Institucional del Servicio Estatal de Empleo (Se fusiona con la Secretaría del Trabajo)
Programa Institucional de la Coordinación de Transportes Aéreos
Programa Institucional de la Coordinación de Relaciones Internacionales (Se fusiona con la Secretaría de Turismo y Relaciones Internacionales y con la de Desarrollo de la Frontera Sur)
Programa Institucional de la Coordinación de Relaciones Públicas (Se fusiona al Instituto de Comunicación Social e Información Pública del Estado de Chiapas)
Programa Institucional del Instituto de Acceso a la Información Pública de la Administración Pública Estatal
Programa Institucional de la Secretaría del Trabajo
Programa Institucional del Consejo de Ejecución de Sanciones Penales y Medidas de Seguridad

Nota: Con el propósito de consolidar la administración pública estatal para que se desempeñe con mayor eficiencia, calidad y transparencia al servicio de la ciudadania, ésta se ha restructurado, por ello algunos organismos públicos estan actualizando su programa Institucional.